新海历元年，人类无法继续面对上升的海平面，导致了最可怕是灾难，超过五成以上的人消失在了深海之中，剩下的人类为了生存在人类仅剩的驻地之上耗费了无数的人力物力开发出了『伊甸园』这项突破的技术拯救了剩下的人类。
但是好景不长，在人类对深海中的遗迹探索中，人类杂乱的脚步声惊喜了沉睡在深海之下的浩劫，一种被命名为『深海』的生化少女出现在了大海之上，就像毫无理智的野兽疯狂的攻击人类的海面驻地，面对这种有着人类体型确有着旧历中海面战舰破坏力的少女人类所谓的部队节节败退，人类又一次面临灭绝的危机。
新海历一七年，对遗迹中的研究有了历史性突破，人类成功的将遗留在旧历上沉睡在深海之中的钢铁巨兽中的英魂驯服，与这些英魂有着共鸣都少女在经过人类现代科技改造与英魂的洗礼后『舰娘』作为人类最后的希望诞生了。
新海历二零年，在人类刚刚吹起反抗的号角后没多久，似乎是受到了深海的影响，『舰娘』们被暴怒的情绪控制，开始反戈人类，在付出了惨痛的代价后，总结出『舰娘』们需要一个可以领导者来带领她们。
新海历二一年首个灵能链接的安利完成，这使『舰娘』们能真正意义上的成为人类的希望，而与她们建立灵能链接的幸运儿作为她们的『提督』与自己的搭档舰娘一起组成二至七人的小队守护人类最后的净土。
新海历三九年，在提督与舰娘的组合努力之下，深海节节败退之下，一位自称『深海之王』的叛变提督代领深海进攻人类，这使得原本依靠执行力与计谋的人类部队被同样懂得计谋的『深海之王』完全击败，危机存亡之时，被誉为最强提督的『欧皇』与她的六位舰娘用一次命名为『雪崩』的特战计划与『深海之王』同归于尽，至此，人类才逃脱灭亡的宿命。
但是『深海之王』的死亡并没有让躁动不安的深海停下她们对人类的战争，于此同时，沉溺在自己胜利喜悦中的人类最根本的恶劣也暴露出来，守护人类的『舰娘』也开始被一些人当做是怪物.......
人类的命运最终会如何，『舰娘』们最后会有一个什么样的归宿？一切都是一个谜。
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